L’Institut d’Estudis Empordanesos ha celebrat tres congressos al llarg de la seva història, durant els anys 2006, 2009 i 2019. Els dos primers es varen dedicar a l’anàlisi de dos aspectes clau de la història i el present de la realitat empordanesa: el paisatge i la frontera. En una ocasió i en l’altra es varen tractar d’analitzar aquests aspectes des de vessants diversos i complementaris, fins pluridisciplinars. El darrer va tenir per finalitat homenatjar la figura d’Eduard Puig Vayreda, que fou president de l’IEE entre els anys 1991 i 2007. L’acte no només fou una trobada per recordar la trajectòria política i cultural, professional i associativa de l’Eduard Puig Vayreda, des de diferents camps en els quals l’homenatjat va excel·lir, sinó que també esdevenir un fòrum de debat on analitzar l’actualitat i, alhora, plantejar reptes i vies de renovació futures en tot un seguit de temes que són d’important transcendència no només en l’àmbit figuerenc i empordanès, en particular, sinó també català, en general.
El congrés El paisatge. Element vertebrador de la identitat empordanesa es va celebrar l’octubre de 2006, i les actes es varen publicar el 2007 amb el títol: Actes del Congrés: el Paisatge, element vertebrador de la identitat empordanesa. Aquestes recullen, en dos volums, les cinc ponències presentades, que foren encarregades a Jordi Sargatal i Deli Saavedra, sobre el medi natural; a Narcís Soler, per l’antiguitat; a Josep M. Fradera, sobre la creació/la invenció de la identitat empordanesa; a Vinyet Panyella, sobre literatura; i a Joan Nogué, sobre la identitat i el territori; a més de les cinquanta-cinc comunicacions, i les conclusions finals del congrés.
El congrés El fet fronterer. Fronteres, relacions, intercanvis es va celebrar els dies 6, 7 i 8 de novembre de 2009. Les actes es varen publicar el 2011 amb el títol: Actes del Congrés: Fronteres. Una visió des de l’Empordà. 2n congrés de l’Institut d’Estudis Empordanesos. Aquestes recullen les tres ponències presentades, encarregades a Josep M. Nolla i Georges Castellví, sobre l’antiguitat; a Aymat Catafau, sobre l’edat mitjana; i a Xavier Torres, sobre la identitat abans i després del Tractat dels Pirineus; i les vint-i-quatre comunicacions lliures que abasten tota la cronologia, precedides d’una presentació contextualitzadora de la història del fet fronterer i la seva incidència sobre l’Empordà.
El congrés d’homenatge a Eduard Puig, Des del banc del general mirant el futur, es va celebrar entre els dies 4 i 5 d’octubre de 2019. La publicació del congrés es troba dins el volum núm. 51 dels Annals, publicat l’any 2020. Aquests recullen els textos de les 6 taules rodones que es varen organitzar: la primera, sobre El bagatge cultural d’Eduard Puig Vayreda. Cultura, pintura i literatura, que fou coordinada per Mariona Seguranyes; la segona, sobre La difusió musical, coordinada per Jordi Jordà; la tercera, sobre El paper i els reptes dels centres d’estudis, coordinada per Enric Saguer; la quarta, sobre Enologia. La vinya i el vi, coordinada per Xavier Albertí; la cinquena, Eduard Puig Vayreda, una llarga dedicació al periodisme, coordinada per Jaume Guillamet; i la darrera, Política municipal en el context de la democràcia, coordinada per Albert Testart.